La gestione di alcuni settori di interesse collettivo avviene attraverso i dipartimenti. Sono dotati di un regolamento interno e sono coordinati da un responsabile nominato. E’ competenza dei  Re Guida avvallare il regolamento e nominare il responsabile. 
I dipartimenti sono:
Dipartimento Sicurezza 
E’ responsabile dei piani di sicurezza e predispone servizi e assistenza per la sicurezza in ogni ambito della Federazione.
E' funzione del Dipartimento la protezione civile dei territori della Federazione, in funzione di coordinatore ed esecutore.
Il Dipartimento emana, su avvallo dei Re Guida, il regolamento che stabilisce le modalità di accoglienza degli ospiti in Damanhur.
Il Dipartimento, facendo riferimento alla Costituzione, ha facoltà di emanare disposizioni, di comminare correttive e di intervenire con richiami pubblici verso singoli cittadini, gruppi o organi della Federazione in riferimento ai loro incarichi specifici . Tali correttive e richiami devono essere avvallati dai Re Guida e dal Cdg.


Dipartimento educazione 
Le funzioni del Dipartimento Educazione sono quelle di coordinare tutte le realtà educative presenti nel tessuto sociale (scuole, genitori, padrini spirituali), formando un'entità di riferimento generale in grado di fornire indicazioni e sostegno nella gestione dell'aspetto educativo.
Elabora ed aggiorna periodicamente le linee pedagogiche comuni e ne promuove la condivisione e la loro applicazione, con lo scopo di elevare la qualità dell'educazione e della relazione fra il mondo degli adulti e quello dei figli.
I cittadini che desiderano avere un figlio, dopo aver concordato le modalità di accoglienza con la comunità e il nucleo di appartenenza, ne danno comunicazione al Dipartimento Educazione, che curerà che gli aspiranti genitori si relazionino con il Dipartimento Sanità e assisterà i genitori in questa esperienza.

Sovrintende alla realizzazione del Programma in Atto per ogni figlio e all'applicazione del Fondo Educazione.

DIPARTIMENTO SANITA'
Il Dipartimento sanità ha per compito la realizzazione di iniziative inerenti la salute della popolazione, il responsabile è nominato dai Re Guida.

I Re Guida nominano la figura dell'Ufficiale sanitario (carica sovrapponibile al responsabile di dipartimento) e dell'Ufficiale veterinario, le prerogative dei quali sono sancite da Delibera.

L'Ufficiale Sanitario emana normative, con l'avvallo dei Re Guida, per la produzione, la trasformazione, la conservazione, l'importazione, la distribuzione, di prodotti alimentari e non. All'Ufficiale Sanitario è dato potere di intervento e la possibilità di erogare sanzioni nel caso non vengano rispettati i provvedimenti. 

Funzione dell'Ufficiale veterinario è vegliare sul rispetto di tutte le normative previste in materia di allevamento e di animali da compagnia, secondo quanto sancito dall'apposito quadro normativo dallo stesso emanato e avvallato dai Re Guida.

Il Dipartimento istituisce l'Albo degli Operatori Damanhuriani della Salute, con i relativi requisiti di appartenenza.